“先分后税”：合伙企业法律体系的核心原则
与常见的公司制企业相比，合伙企业在组织形式和风险承担上都有所不同，因此在其所适用的税收政策上也和一般的公司制企业存在明显差别。由于合伙企业在我们日常的经济生活中并不如公司制企业那样普遍，加之有限合伙企业等特殊形式在我国诞生时间还较短，所以相关的税收配套政策目前还不尽完备。
相关法律体系逐步建立
在《合伙企业法》修订之前，由于只有自然人可在境内投资设立合伙企业，因此其所得税规定主要限于个人所得税范畴，相关的规定可追溯至国务院于2000年发布的《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》（国发〔2000〕16号）。该文件规定：“自2000年1月1日起，对个人独资企业和合伙企业停止征收企业所得税，其投资者的生产经营所得，比照个体工商户的生产、经营所得征收个人所得税”。
财政部、国家税务总局在随后公布的《关于印发〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉的通知》（财税〔2000〕91号）对上述规定作了进一步细化：“合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的‘个体工商户的生产经营所得’应税项目，适用 5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税” 。
2001年，国家税务总局发布了《关于〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉执行口径的通知》（国税函〔2001〕84号，下称84号文件），对合伙企业的利息或者股息、红利收入作了单独规定，即“合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按‘利息、股息、红利所得’应税项目计算缴纳个人所得税。以合伙企业名义对外投资分回利息或者股息、红利的，应按《通知》所附规定的第五条精神确定各个投资者的利息、股息、红利所得，分别按‘利息、股息、红利所得’应税项目计算缴纳个人所得税”。
2006年，修订后的《合伙企业法》第六条对合伙企业的纳税主体地位问题作了原则性规定，即合伙企业的生产经营所得和其他所得，按国家有关税收规定，由合伙人分别缴纳所得税。2008年12月，财政部、国家税务总局《关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税〔2008〕159号，下称159号文件）对此作了进一步说明。159号文件规定：“合伙企业应当以每一个合伙人为纳税义务人；合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。”也就是说，合伙企业的合伙人原则上以合伙企业的全部生产经营所得和其他所得，按照合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额。另外，针对法人形式的合伙人，159号文件还规定其从合伙企业分配的亏损不能抵减合伙人从其他来源取得的利润。
合伙企业奉行“先分后税”原则
不难看出，国内合伙企业的相关税法体系奉行“先分后税”的核心原则。换言之，税务机关在对合伙企业征税时，合伙企业本身并不是真正的纳税人，获得各自分配所得的合伙人才是真正的纳税人。采取“先分后税”的征税原则，有效避免了合伙企业所得重复征税的问题。这一原则在其他国家的合伙企业税制中也多有运用，合伙企业因此常被视为“透明纳税实体”。
在国际税务惯例中，“透明纳税实体”的意义不仅在于直接以合伙人作为纳税主体，还在于保持合伙企业所得的原始性质。以从事股权投资的合伙企业为例，该合伙企业的所得一般由股息和资本利得两部分组成。在“透明纳税实体”的概念下，合伙人从该合伙企业取得的所得也将分别按照股息、资本利得作所得税处理。在分类所得税制中，这一点可能会对合伙人的税负产生重要的影响。
比如，根据现行的《个人所得税法》，如果依照上述原则，自然人合伙人从从事股权投资的合伙企业的所得应分别界定为股息、资本利得，就应该分别根据“利息、股息、红利所得”和“财产转让所得”税目，分别按照20%的税率征收其个人所得税。但如果将自然人合伙人的所得界定为一般意义上的经营所得，则须比照“个体工商户的生产、经营所得”税目，按照5%～35%的５级超额累进税率征收个人所得税。显然，按照前一种方式缴税，合伙人的税负明显较重。
从中国现有的规定来看，除了在84号文件中提到，在对自然人合伙人征收所得税时，合伙企业的利息、股息收入性质保持不变以外，在合伙人层面进行所得税处理时，现行税法似乎还没有对合伙企业所得的性质作出明确和统一的规范。在修订后的《合伙企业法》允许境内外法人设立中国合伙企业的背景下，相关的税务处理可能会引起更多的关注。
另外，159号文不允许法人合伙人将其他来源取得的利润与合伙企业分配的亏损相抵。对此，有人认为，只允许合伙企业将其亏损与盈利相抵的做法，在实质上仍相当于将合伙企业视作独立的法人企业进行处理，可能与“先分后税”背后的某些精神存在冲突。未来如果能够放松这一限制，或许会使合伙制度更具备吸引力。